Το IEYΠ συμβάλλει στη Διαχείριση Υδατικών Πόρων καλύπτοντας ένα ευρύ φάσμα αντικειμένων όπως:

• Σύσταση, τεκμηρίωση και λειτουργία δικτύων παρακολούθησης ποιοτικών και ποσοτικών παραμέτρων.
• Αξιολόγηση της ποσοτικής και ποιοτικής κατάστασης υδατικών συστημάτων και εναρμόνιση με τα διάφορα πρότυπα και τη σχετική νομοθεσία - τυπολογία υδατικών πόρων.
• Ανάπτυξη και εφαρμογή μοντέλων για την προσομοίωση υδρολογικών, υδρογεωλογικών και υδρογεωχημικών διεργασιών σε διάφορα επίπεδα (αγρού, υδατικού σώματος λεκάνης απορροής).
• Υδρογεωχημική και υδρογεωλογική αξιολόγηση.
• Ισοτοπική υδρολογία. 
• Εκτίμηση κινδύνου/επιπτώσεων ποσοτικής και ποιοτικής υποβάθμισης, προστασία/αποκατάσταση υδατικών συστημάτων.
• Αξιολόγηση (πηγές, διεργασίες, τάσεις) και αντιμετώπιση της υφαλμύρινσης υπόγειων υδατικών συστημάτων.
• Αξιολόγηση ενδογενούς και ειδικής τρωτότητας υδροφορέων
• Ποσοτική και ποιοτική διαχείριση αρδευτικού νερού.
• Διερεύνηση επιπτώσεων της κλιματικής αλλαγής, προτάσεις αντιμετώπισής τους και προσαρμογής στις νέες συνθήκες
• Στρατηγικές διακυβέρνησης των υδατικών πόρων με έμφαση στις κοινωνικοοικονομικές και διοικητικές δομές τοπικής κλίμακας